一、进口货物的报关手续
货物不论以何种运载工具运抵日本港口或航空港， 一般均卸存于海关指定的保税区或货棚，等候海关办理查验、纳税、放行手续。涨关对货物储存的期限进行限制，超过期限不在存放的外国货物海关将科以监管金。进口货物一般由注册的报关手行代表进口商向海关申报。报关时进口商除交申报单外， 必须提交下列单证：
1、进口报单
除了具有进口配额的商品应提交进口许可证外， 其他商品只要提交进口报单。进口报单上必须填明货物的唛头、装货单号码、品名、数量价值；货物的原产地、购买地、起运地载支货和船只或飞机的名称、登记标志及国籍。除此，进口商必须声明 A、进出口双方有无某种特别关系例如总号与分号总公司与子公司、外国供货号与订立独家经营合同的商号等关系；B 进口商除发原开列的金额外是否必须向出口号 方付给予酬谢费C，进口商是否需向驻日本的出口商代理人支付其他费用；D 进口商是否有义务进行推销；E 发票所一列的价格是否别的折扣；F 对进口的货物，除按怪票价格付款外，是否须另付款项或使进口商增加其他负担。
2、商业发票
海关没有规定特别的形式， 但至少需带有发货人签字。商业发票供海关估价之用，必须列明：A 唛头号码名称货名全称、布鲁塞尔税则目录号列数量： B 商品的总价和单价；C 明细费用， 包括运费、保险费和装运杂费； D 毛、净重； E 填写发票的地点和日期；F 目的地和受货人； G 关于决定货价的合同条件。
3、装箱单
4、产地证明书刊号
产地证明书一般由当地商会或日本领事馆、外交官在商品的生产政府采购、一般买或装船的地方邓以认证
5、提单
三份已签字的正本提单如系空运则为代运单， 通常经由银行转交，另外到嫠两分未签字的副本直接交给予受货人。实际需要的项目通常在受货人的信用证中有详细说明
6、其他海关体价征税证
进口商如因某种原因不能呈交发票或因发标上所交资料不足， 不能用以估定货价，海关可调取载有详细运费保险峰费包装费及货价表的书面合同及其他证件。 进口货物如系动植物，同必须符合农林省动植物进口检疫规则，附有检验证书。进口商或春代理人在向海关办理进口报关的同时， 应附交进口税报单3份。第批货物应缴纳的税款由进口商蔌其他代理人自行计算并填具在进口税报为词通关，进口商庆掌握有关货物完整详细的资料若有疑问要要求海关进口，经解答后填报。

二、进口配额和进口管
凡通产省所规定的非自由化商品项目的确定商品者要依照进口配额制度进口。这是一较严格的一种配额要求进口先向通关省申请分给予配额外负担一经获准即可取得进口配额证这一证件在进口商有权向特许银行提出申请时，即可自动地取得进出口许可证事实上一切进口配额证都在全球配额基础上签发的从不考虑货不知所云的原产国和应付的货币进口货必须在规定的有效期内由涨尖征税放行。
日本采取最高进口数额和最大国别数额的关税配额办法将并享有关税配额的进口商品划分为132个产品组然后这将此产品组分成三大类第一类为日控制。属于这一类商品的进口采用先到先放的办法给予减免关税优惠，但商品进口受到监督。受惠国或地区的最大类别数额一旦用完后的第2天其超过期额进口的商品即征收最惠国关税，属于这类商品进口办法类似于第一类商品，但最大国别数额用完后， 即在第二个月的第一天起征收最惠国关税， 属于这类的商品有125组。第三类为预先配额属于这类商品的进口取胜额其总数的80%，分配给予过去经营该类商品的传统进口商品粮20%分配给予亲的进口商。这类商品为纺织品共计11组。

三、过境和复出口货物报关手续
日本是进口报关手册暂行公约的签字国， 对所有凭手册从公约缔约国运人日定办理。 外国货物如从日本复运出口涨关，并向海关呈交出口报单才商业对进口时给予免税待遇的展览品专业用工具、私人汽车等，为了免纳进口税在出口时必须赂海关交验原煤一的免税进口单暂准免税进口用于装配的零件，如与进口记录查对核实无误并保持原样海关准予复出口经通产省和大藏省批准，并采取防止运入国内市场的措施工，人纲物可以免税运往保税区， 进行加工后复出口。
日本关税政策
 1．进出口商品的分类和关税率
　　1987年之前，日本作为海关合作理事会关税税则目录(CCCN)协议的签约国，在外贸进出口商品分类方面一直使用CCCN分类系统。从1988年1月1日起，日本开始采用编码协调制(HS)系统。
　　关税率由"海关税率法"确定并予以公布。在发达国家中，日本的平均关税率比较低，特别是工矿产品的平均税率只有2.1%。
   2. 关税的减免、退还和偿还
(1)减免
　　日本的关税减免有"有条件减免"和"无条件减免"两种形式。有条件关税减免又分为"限制性减免"和"普遍减免"，享受何种待遇主要取决于货物进口后的用途。此外，关税减免又可分为"永久性减免"和"临时性减免"，这主要取决于所依据法律的稳定性。
　　有资格申请关税减免的进口商是有限制的，而且对经关税减免后进口货物的使用和用途有较严格的限制。
(2)退还
　　预付关税后，发现货物符合减免部分或全部关税的规定，允许退还部分或全部关税。目前，日本的退税对象主要适用于被退回或被毁坏的货物，以及为生产出口产品所进口的原材料等。
(3)偿还
　　关税偿还与退还相似，二者的区别在于：关税退还的对象为关税交纳者，而偿还则不一定必须付给实际纳税人，也可偿还给法律事务所指定的人。