关税制度
印度尼西亚对进口商品的关税分以下4类征收：
1. A类商品。为国内必要的进口商品，包括稻米、面粉、某些钢铁制品、某些化纤产品、棉花、药材、农业机械设备等。这类商品的进口关税率大部分在5～40％之间。
2. B类商品。为一些工业产品必需的零部件和材料，进口关税率为5～35％。
3. C类商品。为国内市场需求不大或国内相关企业需要进口保护的商品。此类商品的进口关税较A类、B类商品要高。
4. D类商品。为奢侈品、某些消费品，以及国内可以生产，应加以进口保护的商品。此类进口商品所征收的关税最高。

进口管制
1. 进口许可证。一般不需要，有些货物需要商业部的特别许可证，个别货物禁止进口，某些货物只有经授权的独家代理商方可办理进口。对许多货物还有进口垄断措施及配额规定。
2. 单证要求。(1) 商业发票。份数不等，发票上必须写明出口商和收货人的姓名和地址，发运的地点和时间，货运件的标记、序号、数量和种类，每件货物的重量和内容，并附有详细的商品名称和海关税则编号。(2) 原产地证明书。没有统一要求，只是印尼官方机构保留对个别情况下要求提供原产地证明书的权力。产地证需要3个原始件和2个副本。(3) 其他单证。检验报告(LKP=Laporan Kebenaran Pemeri Kssan)要求所有货物在发运之前必须经过质量、数量、价格检查。其中有些货物属例外，如价值在5000美元以下的特品、原油、石油、贵金属、宝石艺术品等。
3. 商品检验。印尼对凡价值在5000美元以上的进口商品，绝大多数都要进行质量和数量检验。当需要对进口商品进行装船前检验时，印尼的相关部门会向出口国的检验代理人提供咨询性文件(包括进口许可证及其它特别文件)，凭借这些文件，检验代理人将同卖方联系，安排出口商品检验。此时卖方必须提供价格表、产品性能说明书、正式发票副本以及检验代理人所必需的其他文件。卖方还应提供装货清单和提单等相关单据的副本。在检验完毕且要求的进口单据完备的情况下，进口检验代理人将出具检验结果报告。
4. 有关包装的特殊规定。对食品、饮料、陶瓷、玻璃器皿、家庭用品、纺织品和肥皂，必须以生产者的原包装发运，并且按货物的种类、性能和商标分别包装，还要在货物原装上明显标出货物的种类、数量、重量、商标等内容。此外，还应考虑到印尼的气候状况，特别注意防水和防锈。
5. 海关对滞存货的处理。到达印尼的货物必须在30天内完税。在雅加达港，货物超过期限后，将被送往有关监督机构的简易仓库，该机构隶属于国家港务公司。货物在那里可存放1～3个月，逾期不取的，在港务局的仓库里拍卖，拍卖所得用于支付仓储费。对扣除了拍卖费用后的余额保留3年，3年后仍无人认领，则上缴印尼国库，货物在缴纳关税之前不允许退回。

保税区及其管理制度
目前，印尼已建有100多个工业区，有些与自由贸易区相结合，形成了保税区。印尼现有10多个保税区，货物由印尼海关领域以外的地区进入保税区，不视为进口，也无须缴纳关税或其他出口税；供加工或再出口等用途进口的各种原料或成品可自由进入保税区，不受印尼国内禁止进口规定的限制；由印尼或印尼以外地区输往保税区的商品或原料，不论其用途是供直接消费，还是在保税区内加工或暂时储存，其在印尼国内的货物税、增值税、关税及其他税收皆可免征；保税区内加工的产品，原则上以外销为主；凡经印尼政府核准在保税区内设立的企业，皆可享受进口关税、进口货物税、扣缴税及国内货物税等各项税收的减免优惠待遇。另外，企业以合并或股票上市的方式扩大规模，仍可享受减免资本货物及原料或辅料增值税的退税待遇。如果资本货物的产权被转让或用于其它用途，则不能享受该项免税或退税待遇。